A Igreja da Santa Casa da Misericórdia de Peniche, fundada em 1626, constitui um importante museu de pintura do séc. XVII, onde se podem admirar quase uma centena de telas, sendo repositório de diversas tendências regionalistas assumidas na pintura portuguesa de seiscentos.

Na Igreja podem encontrar-se interessantes obras de arte sacra do património da Irmandade, bem como peças do seu mobiliário mais antigo. Forrada de azulejos policromos do séc. XVII, destaca-se no interior o tecto de caixotões com cenas do Novo Testamento, Livro dos Actos dos Apóstolos e Apocalipse. Algumas das pinturas estão atribuídas a Baltazar Gomes Figueira e a Josefa de Óbidos.

A tribuna do séc. XVIII, a pia de água-benta em estilo manuelino, o púlpito do séc. XVII e as imagens do Senhor dos Passos e de Nossa Senhora das Dores, que tradicionalmente integram as procissões da Semana Santa, são apenas algumas das obras que merecem a atenção dos visitantes.

O Retábulo da Paixão merece também uma referência especial, constituído por cinco grupos esculpidos em madeira policromada, “Calvário”, ao centro, “Flagelação” e “Encontro com Verónica”, à esquerda, e “Descida da Cruz” e “Deposição”, do lado direito. Trata-se de uma trabalho flamengo da Escola de Bruxelas do séc. XV e é considerado um exemplar único em Portugal.