Instalado na Casa do Corpo Santo, um palácio do século XVII-XVIII que foi sede da antiga Confraria dos Navegantes, armadores e pescadores de Setúbal, o Museu do Barroco situa-se no centro histórico da cidade, junto à Igreja de Santa Maria.
O interior é decorado com painéis de azulejos barrocos em tons de azul-cobalto, retratando o lazer e o quotidiano da aristocracia, de que são exemplo as cenas de caça. Destacam-se, ainda, os tectos pintados setecentistas da sala do Despacho e do Vestíbulo, o piso de tijoleira que alterna com azulejos de figura avulsa, e a Capela totalmente forrada com talha dourada.
Resultante da anterior utilização deste palácio, encontra-se aqui também uma exposição permanente de instrumentos de ciência náutica reunindo mais de cem peças pertencentes à colecção Ireneu Cruz, que constituem uma homenagem à história marítima da cidade de Setúbal.