Além das instalações no Convento de Jesus, o Museu de Setúbal compreende ainda mais 3 núcleos:
– Casa Bocage
– Casa do Corpo Santo – Museu do Barroco
– Museu Sebastião da Gama – em Vila nogueira de Azeitão
No Museu, poderá apreciar a Galeria de Arte Quinhentista, onde estão patentes peças de ourivesaria sacra e pintura portuguesa e flamenga do século XVI. Destacam-se os 14 painéis do Retábulo da Igreja de Jesus de Setúbal atribuídos à Oficina de Lisboa de Jorge Afonso e resultado de um trabalho de parceria entre alguns dos mais conceituados mestres da época: Jorge Afonso, Gregório Lopes, Garcia Fernandes e Cristóvão Figueiredo.