No Largo de Jesus, no centro histórico de Setúbal, encontramos o Convento que lhe deu o nome. O templo foi construído graças a um voto de Justa Rodrigues Pereira, ama do rei D. Manuel I, para recolher um grupo de freiras franciscanas, da Ordem de Santa Clara. O autor do projecto foi Boitaca, um dos arquitectos preferidos da Casa Real na época e um dos primeiros a trabalhar no Mosteiro dos Jerónimos.
Embora tenha sofrido graves danificações com o terramoto de 1755 e tenha sido reconstruído, o edifício ainda conserva muitos elementos do estilo inicial, entre os quais se destacam, na fachada da igreja, o portal e os janelões em estilo manuelino.
O interior da igreja é de tipo salão com as naves da mesma altura, apoiadas em colunas torsas. O coro alto era destinado às freiras clarissas, único local de onde podiam assistir à missa pois pertenciam a uma ordem de clausura. As abóbadas de cruzaria de ogiva são exemplos admiráveis do estilo manuelino. A Capela Mor é revestida de azulejos verdes e brancos, datados do séc. XVI. Nas paredes laterais podemos ver painéis de azulejo do séc. XVII com cenas da vida da Virgem.
As dependências conventuais estão ocupadas pelo Museu de Setúbal. Entre as obras destaca-se a colecção dos chamados Primitivos de Setúbal, pintores portugueses do séc. XVI, imprescindíveis para o conhecimento da história da pintura em Portugal.