O Santuário do Senhor Bom Jesus ou do Senhor de Matosinhos é o principal monumento da cidade. Guarda a imagem de Bom Jesus, vinda no séc. XVI do desaparecido Mosteiro de Bouças, nome do antigo concelho a que Matosinhos pertencia. Encontrada perto da praia num local assinalado pelo Padrão do Bom Jesus, é objecto de culto desde há séculos. É alvo de devoção popular sobretudo durante a romaria realizada em Maio/Junho em honra do Senhor de Matosinhos, uma das mais importantes no Norte do país.
Esta igreja foi inicialmente construída em 1542 pela Universidade de Coimbra, a que pertencia o padroado de Matosinhos por concessão do rei D. João III. A sua aparência barroca actual deve-se à reconstrução feita em 1732 segundo o traço do arquitecto Nicolau Nasoni.
No interior, podemos admirar um bom exemplo decorativo de talha dourada na nave e sobretudo na capela-mor, onde o trabalho está atribuído ao entalhador portuense Luis Pereira da Costa.