O Mosteiro de Santa Clara foi mandado construir em 1314 por D. Isabel de Aragão, a Rainha Santa, substituindo um pequeno convento de monjas clarissas fundado em 1286. O templo ficou concluído em 1330 e a sua traça deve-se ao arquitecto Domingos Domingues, que anteriormente havia trabalhado no Mosteiro de Alcobaça.
O conjunto destaca-se na arquitectura da época pela dimensão da igreja e do claustro e pela abóbada em pedra que cobre as três naves do mesmo tamanho. Pela sua localização na margem do Rio Mondego, o mosteiro estava sujeito a inundações frequentes que forçaram a construção de um piso superior e o abandono do térreo, quase sempre alagado. No século XVII, o rei D. João IV mandou construir num ponto alto da cidade, o novo convento que ficou conhecido como de Santa Clara-a-Nova, para onde as freiras se mudaram em 1677. O primitivo mosteiro que passou a ser designado de Santa Clara-a-Velha, ficou ao abandono até chegar a um estado de ruína.
No final do século XX foram levadas a cabo profundas obras de recuperação, que puseram a descoberto as estruturas e um vasto e diversificado espólio. De novo aberto a visitas, o Mosteiro oferece uma área de lazer num amplo percurso ao ar livre que engloba a igreja e as estruturas arqueológicas restauradas. No Centro Interpretativo, para além da exposição dos objectos aqui encontrados, estruturada de acordo com a vivência monástica, utilizam-se meios audiovisuais para apresentar a história do local e a sua requalificação.