A Igreja de São Francisco foi construída no no século XIV, durante o reinado de D. Fernando, no lugar de um templo modesto pertencente à ordem dos franciscanos que se tinha estabelecido na cidade do Porto em 1223.

O plano da Igreja obedece às regras do estilo gótico mendicante, ou seja, igreja de três naves, transepto saliente e cabeceira tripartida, com a capela-mor num plano mais profundo. No entanto, alguns elementos inovadores foram introduzidos como a decoração de bolas nas frestas da capela-mor.

No séc. XVI, João de Castilho desenhou a Capela de São João Baptista, mas foi durante o século XVIII que se realizou a campanha de obras mais significativa e que daria a este templo o esplendor barroco preservado até aos dias de hoje, parecendo uma igreja coberta de ouro, devido à abundância de talha dourada.

Entre os trabalhos de talha que se encontram no interior, de destacar o notável retábulo da capela-mor dedicado à Árvore de Jessé, reformulado entre 1718 e 1721 por Filipe da Silva e António Gomes.