A fundação da Igreja de Nossa Senhora da Conceição, no séc. XVI, remete para alguns factos da história da cidade.
O local estava incluído no perímetro da Judiaria Grande de Lisboa, extinta com a expulsão dos judeus por D. Manuel em 1496. Em 1502, D. Manuel doa o lugar à Ordem de Cristo, onde no sítio da sinagoga se constrói um templo consagrado a Nossa Senhora da Conceição.
Era então também a Igreja da Misericórdia, instituída por D. Leonor, irmã de D. Manuel. Muito próximo ficava a Casa da Misericórdia, com hospital, recolhimento de órfãos, cartório, casa do despacho, oficina e pátios. Em 1568, D. Sebastião cria a paróquia de Nossa Senhora da Conceição.
Com o terramoto de 1755, a Igreja foi quase completamente destruída. Em 1768, a Irmandade da Misericórdia muda-se para a Igreja de São Roque, passando esta a ser conhecida como Conceição Velha. A reconstrução foi efectuada aproveitando alguns materiais da Igreja destruída, entre os quais o notável portal manuelino, com um raro exemplo da representação de Nossa Senhora da Misericórdia, onde dois anjos seguram o manto que protege o rei D. Manuel I e a sua irmã D. Leonor, fundadora das Misericórdias em Portugal.
No interior, encontra-se uma decoração barroca, onde se combinam os azulejos, a talha dourada e a pintura. Na capela-mor pode-se ver um pintura dedicada a Nossa Senhora do Restelo, uma oferta do Infante D. Henrique.