História natural (de onde sobressaem as colecções de ictiologia, mamalogia, ornitologia, malacologia e paleontologia), arqueologia náutica e subaquática, etnografia (de onde se destacam as colecções de traje, artes de pesca tradicionais e outros aspectos relacionados com a actividade piscatória) e ainda marinharia e navegação, com artefactos ligados à tecnologia naval e modelos e réplicas de embarcações.