A construção da Sé começou em 1164 por iniciativa do bispo D. Miguel Salomão, no local de uma igreja destruída durante um ataque muçulmano. Foi consagrada em 1184, embora o resto do edifício ainda não estivesse terminado, nomeadamente os claustros. Os seus mestres foram Roberto e Bernardo, dois franceses, que trinta anos antes tinham introduzido um estilo românico mais elaborado no país, constituindo uma inovação à regra instituída. Influenciados pelas plantas das igrejas de peregrinação do Caminho de Santiago de Compostela, optaram por uma cabeceira sem deambulatório devido a restrições de custos.
Durante a campanha de obras do séc. XVI são feitas algumas inovações. Destacam-se o portais renascentistas, sobretudo a Porta Especiosa, obra máxima de João de Ruão inspirada no renascimento italiano, utilizando a tipologia dos grandes arcos triunfais.
No interior merecem referência a Capela do Sacramento, também de João de Ruão e a Capela de D. Duarte de Melo, com risco do Mestre Tomé Velho. Na capela-mor, o retábulo de talha dourada, em estilo gótico flamejante, da autoria de Olivier de Gand e Jean d’Ypres.
Em 1772 a função de Sé passa para o extinto Colégio dos Jesus. O templo fica a cargo da Misericórdia até 1778. Em 1785 é ocupada pela Ordem Terceira de São Francisco e em 1816 para a paróquia de São Cristovão.
Os claustros começaram a ser erigidos em 1218, durante o reinado de D. Afonso II, sendo uma das primeiras obras góticas edificadas em Portugal. De dimensões superiores ao habitual foi necessário destruir uma parte da encosta para a construção. Ocupa assim uma área quadrangular a partir do terceiro tramo da nave e ultrapassando o perímetro da cabeceira. É constituído por um piso abobadado e as arcadas são compostas por arcos apontados duplos, assentes em finos colunelos geminados e com óculo superior. Os capitéis são decorados com motivos vegetalistas, anunciando o gosto gótico emergente. O gótico aplicado demonstra uma maturidade de estrutura e segurança nas formas, o que revela que os artífices que aqui trabalharam estavam familiarizados com os modelos desenvolvidos em Espanha e em França.