De planta quadrada, os arcos deste claustro apresentam uma bonita decoração de folhas de louro talhadas na pedra. A sua construção é do risco de Marcos Pires e teve lugar no primeiro quartel do séc. XVI. Nas paredes repare nos três baixos-relevos em calcário representando o Ecce Homo, o Enterro do Senhor e o Caminho do Calvário, modelados com grande arte e técnica.

Dando para o claustro abre-se a Casa do Capítulo, forrada a azulejos do séc. XVI. Na Capela de Cristo merecem também atenção dois elegantes túmulos do Renascimento, de dois priores do Mosteiro, ambos concebidos pelo mesmo Marcos Pires.

Em 1530 foi acrescentado o Claustro da Manga (hoje quase desaparecido e com acesso pelo lado de fora – Rua Olímpio Nicolau) que citamos pela curiosidade de, segundo a tradição, ter sido desenhado pelo rei D. João III na manga da sua própria capa. Tem ao centro um bonito templete rodeado de tanques de água e a sua estrutura deve-se ao artista normando João de Ruão.

Não deixe de passar pela sacristia onde se sentirá envolvido por um ambiente maneirista muito autêntico construído por elegantes colunas que sustentam um teto revestido de madeira, azulejos polícromos, bonitas aberturas de luz, ricos arcazes do séc. XVII e, sobretudo, não deixe de apreciar os quadros da Escola portuguesa do Séc. XVI, nas obras de Cristóvão de Figueiredo e Gaspar Vaz, onde os temas religiosos: Ecce Homo, Calvário, A Virgem e as Santas Mulheres, Pentecostes (este da autoria de Grão Vasco), além de outros, são representados com grande sentimento dramático.